福建省闽江监狱现有职能科（处）室11个：办公室、财务科、政治处、纪检监察室、审计科、狱政管理科（含狱侦职能）、教育改造科、生活卫生装备科、生产管理科、生产经营科、刑罚执行科。直附属机构7个：指挥情报中心（直一队、狱内110）、医院（严管队）、会见办、采购办、数字办、物供站、警务督察队。监区7个：一监区、二监区、三监区、四监区、五监区、六监区（艾感监区）、综合监区（直二队、直三队）。